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L'érosion génétique est aggravée et accélérée par la perte d'habitat et la fragmentation de l'habitat. De nombreuses espèces menacées sont menacées par la perte d'habitat et (la fragmentation) de l'habitat. L'habitat fragmenté crée des barrières dans le flux génétique entre les populations.
Le pool génétique d'une espèce ou d'une population est l'ensemble complet d'allèles uniques qui seraient trouvés en inspectant le matériel génétique de chaque membre vivant de cette espèce ou population. Un large pool génétique indique une grande diversité génétique, qui est associée à des populations robustes qui peuvent survivre à des épisodes de sélection intense. Pendant ce temps, une faible diversité génétique (voir la consanguinité et les goulots d'étranglement de la population) peut entraîner une diminution de la valeur biologique et augmenter les risques d'extinction de cette espèce ou de cette population.
Les goulots d'étranglement de la population créent des pools de gènes qui rétrécissent, ce qui laisse de moins en moins de partenaires d'accouplement fertiles. Les implications génétiques peuvent être illustrées en considérant l'analogie d'un jeu de poker à enjeux élevés avec un croupier tordu. Considérez que le jeu commence par un jeu de 52 cartes (représentant une grande diversité génétique). La réduction du nombre de couples reproducteurs avec des gènes uniques ressemble à la situation où le croupier ne distribue que les cinq mêmes cartes encore et encore, ne produisant que quelques "mains" limitées.
Au fur et à mesure que les spécimens commencent à se reproduire, les effets et les défauts congénitaux physiques et reproductifs apparaissent plus souvent. Les spermatozoïdes anormaux augmentent, l'infertilité augmente et les taux de natalité diminuent. "Les effets les plus périlleux se trouvent sur les systèmes de défense immunitaire qui s'affaiblissent et sont de moins en moins capables de lutter contre un nombre croissant de menaces bactériennes, virales, fongiques, parasitaires et autres. Ainsi, même si une espèce menacée se trouvant dans un goulot d'étranglement peut résister à tout développement humain qui ronge son habitat, elle fait toujours face à la menace d'une épidémie qui pourrait être mortelle pour l'ensemble de la population.
L'érosion génétique dans l'agriculture et l'élevage est la perte de la diversité génétique biologique - y compris la perte de gènes individuels et la perte de recombinants particuliers de gènes (ou complexes de gènes) - tels que ceux qui se manifestent dans les variétés locales d'animaux ou de plantes domestiques qui ont su s ’adapter à l’environnement naturel d’origine.
Les principaux moteurs de l'érosion génétique des cultures sont le remplacement des variétés, le défrichement des terres, la surexploitation des espèces, la pression démographique, la dégradation de l'environnement, le surpâturage, les politiques gouvernementales et l'évolution des systèmes agricoles. Cependant, le principal facteur est le remplacement des variétés locales de plantes et d'animaux domestiques par d'autres variétés ou espèces non locales. Un grand nombre de variétés peut aussi souvent être considérablement réduit lorsque des variétés commerciales sont introduites dans les systèmes agricoles traditionnels. De nombreux chercheurs pensent que le principal problème lié à la gestion des agroécosystèmes est la tendance générale à l'uniformité génétique et écologique imposée par le développement de l'agriculture moderne.
Avec les progrès de la bioscience moderne, plusieurs techniques et sauvegardes ont émergé pour vérifier l'avancée incessante de l'érosion génétique et l'accélération des espèces menacées d'extinction qui en résulte vers une éventuelle extinction. Cependant, bon nombre de ces techniques et mesures de sauvegarde sont trop coûteuses pour être pratiques, et la meilleure façon de protéger les espèces est donc de protéger leur habitat et de les laisser y vivre le plus naturellement possible.
Des sanctuaires de faune et des parcs nationaux ont été créés pour préserver des écosystèmes entiers avec tout le réseau d'espèces indigènes de la région. Des corridors fauniques sont créés pour rejoindre des habitats fragmentés afin de permettre aux espèces menacées de se déplacer, de se rencontrer et de se reproduire avec d'autres membres de leur espèce. La conservation scientifique et les techniques modernes de gestion de la faune, avec l'expertise d'un personnel scientifiquement formé, aident à gérer ces écosystèmes protégés et la faune qui s'y trouve. Les animaux sauvages sont également transférés et réintroduits physiquement dans d'autres endroits lorsque les habitats fauniques fragmentés sont trop éloignés et isolés pour pouvoir se relier via un corridor faunique, ou lorsque des extinctions locales ont déjà eu lieu.
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